桃園科技工業園區為使一、二期能共用淨水廠、廢水處理廠而提出環差案，但在9日第三次專案小組中，卻新增了協助桃園市處理水肥的規劃，專案小組認為雖然水肥處理與原環差按內容類似，可以併案處理，但相關的操作與管理仍須有更完整的規劃與說明，因此讓此案補件再審。除了水肥項目外，也要求補齊放流口、出水口、地下水等項目的監測計畫，尤其是生態部分，由於鄰近觀音海岸藻礁，委員張學文特別指出，應該在營運前就進行監測。
桃園科技工業園區位於桃園觀音鄉的濱海地區，有白玉與塘尾兩區，共佔地274.74公頃，已進入營運階段，目前可出售土地幾乎都已售出，有18家正式營運、12家建廠中、39家規劃中。2009年推出二期，面積為58.05公頃，因為就位在一期白玉區東南側，在2012年二期通過環評時，也為了排放量調撥、共用淨水廠、廢水處理廠等計畫，而提出一期的環差變更，預計要將二期計劃將汙水2,404CMD（立方米／每天）送往一期的汙水廠處理。
去年7月的審查中，由於兩園區相鄰，在排放餘裕量充足的狀況下，此舉可達資源共享，環評小組無太大意見，反指出桃園科技工業園區空汙核配總量當年給的太高需要檢討，應該要求藉此機會下修空汙核配量，以免佔用桃市全體的核配量。
但此次桃市簡報中並無著墨空污核配量，而是在講解廢水處理量與餘裕量之外，又多提出水肥處理一項。桃市提出廢污水處理廠最大處理量為11000CMD，在四種情境下，可提供外部廢水入廠處理的量約為1500至5000CMD，且強調以符合桃科工業園區引進產業區類別為限，收受電子材料、精密機械模具、船舶機械廠、自動倉儲轉運、面板、油品參配儲韻、環保科技業等。且光電材料及元件製造業的廢水要進廠，其中銦鎵鉬等重金屬濃度要符合光電材料及元件製造業放流水標準。
但桃科在此次審查新增了代處理桃園市水肥一項，小組雖然在討論後接受併案處理，但也要求桃科應該補齊水肥進廠後操作與管理計畫。
桃科表示，由於桃園市水肥處理去處不足，缺口約有100至150CMD，因此希望循林口南區污水處理廠接受50CMD的水肥經驗。桃科提出將收受上限105CMD的水肥量，並新增一水肥投入口。
至於生態方面，由於廢水放流至大崛溪，桃科釐清大崛溪、藻礁保護區與排放水位置，指出工業區距保護區有7.1公里。張學文除了要求監測計畫納入對大崛溪等影響範圍內的水域生態資料，張學文更強調，因為目前的資料過於老舊應該更新，也不該照原計畫等到營運後才展開監測。
