台灣面臨十年大旱，明年桃園、新竹、苗栗、台中、嘉義等地將停灌4萬多公頃，經濟部解釋，農用水佔國內用水七成，旱象未解，「不得已」才休耕。攤開經濟部2012年的資料，農用水比例確實佔了72%，其次為民生用水18％、工業用水10％，也因此每年旱災時，農用水總是背上浪費用水的黑鍋。但事實果真如此嗎？很多學者的研究推翻了這個想法。
農委會曾委託台大調查「水田公益機能評估」，依據各地水田面積、土壤入滲性質、水稻生長期田面湛水深變化，估算全台稻田灌溉水，補注到地下水的效益，結果發現全台38萬公頃水田，每年可補注的地下水，高達20億立方公尺，等於6座翡翠水庫的有效蓄水容量。若以水庫開發的原水平均價每噸11.15元計算，地下水涵養效益高達223億。
淡江大學水資源管理與政策研究中心也統計，民國99年，彰雲水稻田兩期作，農用水入滲到地下水的比例高達四成。財團法人農業工程研究中心則指出，2002 年到2004年， 水稻田停灌總面積約 20.8萬 公頃，減少6.5萬噸地下水補注量，接連停灌更間接讓河川汙染更嚴重，也影響當地的生態環境。
農委會近幾年不斷提倡「藏水於農」的概念，諷刺的是，這次停灌休耕支付給農民的30億補貼，身為被斷水的主管機關，農委會必須負擔近五成，經濟部二成，科技部只佔一成，農委會坦言，未來應研議是否調整經費比例。
學者研究，四成灌溉水回流成地下水
根據經濟部統計，台灣每年用掉173億噸水，農用水就佔了120億，其中有六成、約73.4億用在水稻，每當水資源缺乏，農用水總是成為第一個被借調的對象，2002年到2006年，五年間就出現四次停灌紀錄；包含這一次，近14年（2002年到2015年），農用水已六次共體時艱，停灌休耕。
單從數據來看，農用水確實是用水大戶，因此有部分民眾認為，農業用了七成水，卻只貢獻不到2% GDP，本就不符成本效益；然而，許多研究報告都指出，相對於工商業，用過的水隨即成為廢水，或需要投入大量成本淨化再利用，農用水不僅可補助地下水，還有滯洪、自給自足的功能，卻往往被隱藏在數字之下。
淡江大學水資源管理與政策研究中心長期研究地層下陷，曾和農委會農田水利處，共同撰寫《彰雲地區農業水資源利用之現況與建議》，推翻了許多人對於農業超抽地下水，導致地層下陷的刻板印象。
文中指出，由於水稻耕作時，長時間維持湛水狀態，灌溉用水經垂直與側向，入滲進地下水體，以民國99年為例，彰化稻田平均每天入滲率約3.57釐米，雲林縣則是3.63釐米，以120天耕作期，對應兩地的稻田面積，該年度田間入滲量約為3.93億立方公尺（編按：一立方公尺等於一噸，等於一度水）。
每公頃稻田約需1萬立方公尺水量，彰雲該年度稻田的總用水量為9.09億噸。對照之下可發現，這些水有43.2%匯入滲到地下，補充地下水層。也因此，該研究認為，每逢乾旱期間，農用水總被要求調整支援，「然而農業灌溉用水之效益不僅只是生產農作物之獲利，對於環境維護更是具有實質之助益。」且相較於工業及民生用水的抽水型態，農業抽取地下水，造成地層下陷的比例，「應相對輕微。」
全台農用水補注地下水量，相當於6座翡翠水庫
農委會為了將稻田效益生態環境效益量化，2006年起，特別委託台灣大學團隊，研究「水田公益機能評估」，得出了更驚人的結論。
台灣農田水利會水稻田灌溉面積約38萬公頃，不同生長時期，水深高度也會有所不同，台大生物環境系統工程系教授劉振宇以現地試驗，結合入滲理論數學模式，以及現有灌溉制度，考量各地水田面積、土壤入滲性質，以及水稻生長期田面湛水深變化，估算台灣水田地下水補注量，每年達20億立方公尺，等於6座翡翠水庫的有效蓄水容量。
這些由稻田入滲的水，可說是天然的「地下水庫」，若以水庫開發的原水，平均單價每噸11.15元計算，效益高達223億。
類似的研究，也出現在財團法人農業工程研究中心發表的《北部地區乾旱時期農業用水調用機制之研擬》，文中指出，水田地下水補注量每年達 20 億立方公尺， 「能有效減緩西南沿海地區，因大量抽取地下水而日益嚴重的地層下陷問題」。
從以上研究看來，農田灌溉的同時，也是在幫土地涵養水分。值得注意的是，農業工程研究中心指出，從 2002 年至 2004 ，水稻田停灌總面積約 20.7萬公頃，減少地下水補注量6.5億立方公尺。換句話說，雖然因農田停灌，讓民生、工業用水得以如常運用，但同時也損失了近兩座翡翠水庫蓄水量。
每公頃農田等於2600部冷氣機
若拿出數據比較，農田的經濟效益可能大出許多人意料。除了涵養地下水，稻田中的水蒸發時，會帶走一部分熱能，台大團隊曾對照2004年10月8日桃園、新竹、宜蘭等地的水田溫度，平均約為23.8℃，都會區為30.9℃，可見水田有調節氣溫的功能。
團隊也曾在上午10點到下午2點，實地測量稻田的蒸發潛熱，共計5127kW，扣掉土壤本身的蒸發散功效，換算成冷氣開機度數，種稻每公頃可節省4497度電。農業工程研究中心進一步換算，每公頃水田蓄水，相當於 2600 部家用冷氣機的冷房效果。
此外，水田還具有吸納洪水、減少碳排放、淨化水質、防止土壤沖蝕等功能，台大團隊以2009年稻田可耕地41萬公頃計算，全台灣稻田公益機能高達886億元，尚未包括其所帶來的生態效益、減緩地層下陷的功能。
上述這些效益，從未出現在GDP或水利署的考量，農業工程研究中心也為稻田抱不平，報告中指出，稻田不斷停灌休耕，可能影響儲水的功能，一旦棄耕，圳路失修、雜草叢生，未來要恢復必須付出昂貴成本，甚至永遠無法恢復；對農家而言，停灌迫使農民生活習慣改變，造成勞動力外流。
「雖然就產值而言，農業較其他標的來說相對較低，然而「三生農業」用水上的外部效益驚人，對於國土水資源具有重大貢獻，移用農業用水需將此納入考量。」
農委會：已考量三生功能和效益
對此，水利署發言人賴明信表示，分配用水絕對不是只有考慮生產，生態和生活也是評估考量，但實際的評估由農委會負責。
對於水田公益評估，農委會農田水利處處長張敬昌表示，確有這個委託案，農田在滿水時有滯洪、補注地下水功能，屬於不可量化的效益，「問題是今天就是水不夠」，農委會評估時已有考量三生功能，不只著重在農田的生產效益。
但身為被斷水的主管機關，農委會必須負擔近五成補償費，經濟部二成，科技部只佔一成，張敬昌坦言，未來應研議是否調整經費比例。