內政部在2008年11月3日發出行政命令，規定「跨性別者或雙性徵者申請性別變更的身分證登記，必須摘除性器官」。內政部長陳威仁昨（24）承諾，廢除這紙違反人權的行政命令，內政部贊成不以「去勢」為必要條件。
國民黨立委丁守中、前紅衫軍總指揮施明德和投入社運的妻子陳嘉君今（25）日舉行記者會，丁守中說，昨天和內政部長陳威仁、衛福部次長許銘能等溝通協調，達成共識，陳威仁同意廢除那紙行政命令，未來有關性別變更登記的程序，將由跨性別者在年滿18歲後，向由內政部與衛福部邀集的醫學、心理咨商與法律專家組成的「性別變更委員會」提出申請，經委員會安排面談並在經過6個月的猶豫期後，跨性別者若仍堅持變更性別，就可以由戶政機關予以性別登記。
同樣參與記者會的跨性別者吳小姐在現場一度情緒激動要落淚，她說，聽到這樣的好消息，她的情緒很複雜，也很感謝各界的努力奔走。今年剛滿18歲的吳小姐，目前一人獨居，5月起開始接受荷爾蒙注射，身分證上的性別欄還是註記為男性，她說，將向內政部申請進行性別變更，否則她去醫院看病，醫護人員常常拿著健保卡重複詢問健保卡是否為她本人，還曾重複詢問她15次相同問題。
吳小姐自述，從小到大、從家庭到社會都接受過不少人的異樣眼光甚至霸凌性侵，她15歲遭到性侵，自行報警還被警察和檢察官言語羞辱，用輕挑態度詢問「對方帥不帥」，讓她很受傷。
內政部規定要變更性別必須進行摘除性器官的手術，被認為太過激烈，影響跨性別者的身體健康，內政部長陳威仁受訪時表示，內政部贊成不以「去勢」為必要條件，未來1個月將和相關單位研究，擬定配套。內政部將尊重跨性別者的性傾向，也希望未來跨性別者申請變更性別應該有「不可回復性」，不能變來變去。
內政部戶政司長張琬宜表示，1個月內跟衛福部討論出可行做法，將參考國外經驗，德國有變性人專法，英國則是邀請律師、醫師和心理師組成性別認定審議委員會，這是目前在規劃的方向。