全民健康保險法規定，經法院裁判，且經檢察機關指揮執行者，收容在矯正機關、矯正機關附設醫院、醫療機構、教養機構等處所，接受強制工作、強制戒治、強制治療、觀察勒戒、監護與禁戒者，都可加入二代健保。
衛生署健保小組副召集人曲同光表示，估計全國收容人超過6萬多名，同時國防部軍監收容人也包括在內，明年元旦二代健保上路後，所有收容人納入健保，保費則由法務部與國防部編列預算支付，每年約需新台幣11億到12億元。
前總統陳水扁在台北榮總戒護就醫，初估陳水扁需自付醫療檢查費用超過30萬元，而法務部負責陪同的戒護人員等逾百萬元費用，待二代健保上路後，陳水扁的就醫的費用將由法務部買單。